L'ultrafiltration peut être utilisée pour éliminer rapidement et facilement les petites molécules, notamment les tris, le glycérol et la glycine, des solutions d'anticorps ou de concentrer les anticorps avant la conjugaison. Elle permet également d'éliminer les solutions sans colorant ou sans biotine des anticorps après la conjugaison.
Pour l'ultrafiltration des protéines, il est recommandé d'utiliser un MWCO 3 à 6 fois inférieur à la protéine à conserver. Les flacons d'ultrafiltration dotés d'un MWCO de 3 kD sont recommandés pour l'ultrafiltration de protéines supérieures à 10 kD. Des flacons dotés d'un MWCO de 10 kD conviennent mieux à l'ultrafiltration d'anticorps et d'autres protéines supérieurs à 30 kD. L'ultrafiltration n'est pas efficace pour le fractionnement des protéines (en séparant une protéine d'une autre selon la taille) à moins d'avoir une différence au moins 10 fois supérieure au poids moléculaire de la protéine.